Method Detail

• addBioMoleculeOperation

  int addBioMoleculeOperation​(javajs.util.M4 mat,
                              boolean isReverse)

• addLatticeVectors

  boolean addLatticeVectors​(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs)

• addOp

  java.lang.String addOp​(java.lang.String code,
                         javajs.util.Matrix rs,
                         javajs.util.Matrix vs,
                         javajs.util.Matrix sigma)

• addSpaceGroupOperation

  int addSpaceGroupOperation​(java.lang.String xyz,
                             int opId)

• checkDistance

  boolean checkDistance​(javajs.util.P3 f1,
                        javajs.util.P3 f2,
                        float distance,
                        float dx,
                        int iRange,
                        int jRange,
                        int kRange,
                        javajs.util.P3 ptOffset)

• checkUnitCell

  boolean checkUnitCell​(SymmetryInterface uc,
                        javajs.util.P3 cell,
                        javajs.util.P3 ptTemp,
                        boolean isAbsolute)

• createSpaceGroup

  boolean createSpaceGroup​(int desiredSpaceGroupIndex,
                           java.lang.String name,
                           java.lang.Object data,
                           int modDim)

• fcoord

  java.lang.String fcoord​(javajs.util.T3 p)

• getCanonicalCopy

  javajs.util.P3[] getCanonicalCopy​(float scale,
                                    boolean withOffset)

• getCartesianOffset

  javajs.util.P3 getCartesianOffset()

• getCellRange

  int[] getCellRange()

• getCoordinatesAreFractional

  boolean getCoordinatesAreFractional()

• getFractionalOffset

  javajs.util.P3 getFractionalOffset()

• getLatticeDesignation

  java.lang.Object getLatticeDesignation()

• getLatticeOp

  int getLatticeOp()

• getMatrixFromString

  java.lang.String getMatrixFromString​(java.lang.String xyz,
                                       float[] temp,
                                       boolean allowScaling,
                                       int modDim)

• getMoreInfo

  javajs.util.Lst<java.lang.String> getMoreInfo()

• getUnitCellParams

  float[] getUnitCellParams()

• getOperationRsVs

  javajs.util.Matrix getOperationRsVs​(int op)

• getPointGroupInfo

  java.lang.Object getPointGroupInfo​(int modelIndex,
                                     java.lang.String drawID,
                                     boolean asInfo,
                                     java.lang.String type,
                                     int index,
                                     float scale)

• getPointGroupName

  java.lang.String getPointGroupName()

• getSiteMultiplicity

  int getSiteMultiplicity​(javajs.util.P3 a)

• getSpaceGroup

  java.lang.Object getSpaceGroup()

• getSpaceGroupInfo

  java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getSpaceGroupInfo​(ModelSet modelSet,
                                                                           java.lang.String spaceGroup,
                                                                           int modelIndex,
                                                                           boolean isFull,
                                                                           float[] cellParams)

• getSpaceGroupInfoObj

  java.lang.Object getSpaceGroupInfoObj​(java.lang.String name,
                                        SymmetryInterface cellInfo,
                                        boolean isFull)

• getSpaceGroupName

  java.lang.String getSpaceGroupName()

• setSpaceGroupName

  void setSpaceGroupName​(java.lang.String name)

• getSpaceGroupOperation

  javajs.util.M4 getSpaceGroupOperation​(int i)

• getSpaceGroupOperationRaw

  javajs.util.M4 getSpaceGroupOperationRaw​(int i)

• getSpaceGroupOperationCode

  java.lang.String getSpaceGroupOperationCode​(int op)

• getSpaceGroupOperationCount

  int getSpaceGroupOperationCount()

• getSpaceGroupXyz

  java.lang.String getSpaceGroupXyz​(int i,
                                    boolean doNormalize)

• getSymmetryInfoStr

  java.lang.String getSymmetryInfoStr()

• getSymmetryOperations

  javajs.util.M4[] getSymmetryOperations()

• getSpinOp

  float getSpinOp​(int op)

• getUnitCell

  SymmetryInterface getUnitCell​(javajs.util.T3[] points,
                                boolean setRelative,
                                java.lang.String name)

• getUnitCellAsArray

  float[] getUnitCellAsArray​(boolean vectorsOnly)

• getUnitCellInfo

  java.lang.String getUnitCellInfo()

• getUnitCellInfoType

  float getUnitCellInfoType​(int infoType)

• getUnitCellMultiplier

  javajs.util.T3 getUnitCellMultiplier()

• getUnitCellState

  java.lang.String getUnitCellState()

• getUnitCellVectors

  javajs.util.P3[] getUnitCellVectors()

• getUnitCellVerticesNoOffset

  javajs.util.P3[] getUnitCellVerticesNoOffset()

• getUnitCellInfoMap

  java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> getUnitCellInfoMap()

• haveUnitCell

  boolean haveUnitCell()

• isBio

  boolean isBio()

• isSimple

  boolean isSimple()

• isPolymer

  boolean isPolymer()

• isSlab

  boolean isSlab()

• isSupercell

  boolean isSupercell()

• newSpaceGroupPoint

  void newSpaceGroupPoint​(int i,
                          javajs.util.P3 atom1,
                          javajs.util.P3 atom2,
                          int transX,
                          int transY,
                          int transZ,
                          javajs.util.M4 o)

• notInCentroid

  javajs.util.BS notInCentroid​(ModelSet modelSet,
                               javajs.util.BS bsAtoms,
                               int[] minmax)

• rotateAxes

  javajs.util.V3[] rotateAxes​(int iop,
                              javajs.util.V3[] axes,
                              javajs.util.P3 ptTemp,
                              javajs.util.M3 mTemp)

• setFinalOperations

  void setFinalOperations​(java.lang.String name,
                          javajs.util.P3[] atoms,
                          int iAtomFirst,
                          int noSymmetryCount,
                          boolean doNormalize,
                          java.lang.String filterSymop)

• setLattice

  void setLattice​(int latt)

  set symmetry lattice type using Hall rotations

  Parameters:

  latt - SHELX index or character lattice character P I R F A B C S T or \0

• setOffset

  void setOffset​(int nnn)

• setOffsetPt

  void setOffsetPt​(javajs.util.T3 pt)

• setPointGroup

  SymmetryInterface setPointGroup​(SymmetryInterface pointGroupPrevious,
                                  javajs.util.T3 center,
                                  javajs.util.T3[] atomset,
                                  javajs.util.BS bsAtoms,
                                  boolean haveVibration,
                                  float distanceTolerance,
                                  float linearTolerance,
                                  boolean localEnvOnly)

• setSpaceGroup

  void setSpaceGroup​(boolean doNormalize)

• setSpaceGroupFrom

  void setSpaceGroupFrom​(SymmetryInterface symmetry)

• setSymmetryInfo

  SymmetryInterface setSymmetryInfo​(int modelIndex,
                                    java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.Object> modelAuxiliaryInfo,
                                    float[] notionalCell)

• getSymmetryInfoAtom

  java.lang.Object getSymmetryInfoAtom​(ModelSet ms,
                                       int iatom,
                                       java.lang.String xyz,
                                       int op,
                                       javajs.util.P3 translation,
                                       javajs.util.P3 pt,
                                       javajs.util.P3 pt2,
                                       java.lang.String id,
                                       int type,
                                       float scaleFactor,
                                       int nth,
                                       int options)

  Parameters:

  ms -

  iatom -

  xyz -

  op -

  translation - TODO

  pt -

  pt2 - a second point or an offset

  id -

  type - T.point, T.lattice, or T.draw, T.matrix4f, T.label, T.list, T.info, T.translation, T.axis, T.plane, T.angle, T.center

  scaleFactor -

  nth - TODO

  options - could be T.offset

  Returns:

  a variety of object types

• setTimeReversal

  void setTimeReversal​(int op,
                       int val)

• setUnitCell

  void setUnitCell​(float[] params,
                   boolean setRelative)

• initializeOrientation

  void initializeOrientation​(javajs.util.M3 matUnitCellOrientation)

• toCartesian

  void toCartesian​(javajs.util.T3 pt,
                   boolean asAbsolute)

• toFractional

  void toFractional​(javajs.util.T3 pt,
                    boolean asAbsolute)

• toSupercell

  javajs.util.P3 toSupercell​(javajs.util.P3 fpt)

• toUnitCell

  void toUnitCell​(javajs.util.T3 pt,
                  javajs.util.T3 offset)

• unitCellEquals

  boolean unitCellEquals​(SymmetryInterface uc2)

• unitize

  void unitize​(javajs.util.T3 ptFrac)

• getV0abc

  javajs.util.T3[] getV0abc​(java.lang.Object def)

• getQuaternionRotation

  javajs.util.Quat getQuaternionRotation​(java.lang.String abc)

• getTensor

  Tensor getTensor​(Viewer vwr,
                   float[] anisoBorU)

• getFractionalOrigin

  javajs.util.T3 getFractionalOrigin()

• getState

  boolean getState​(javajs.util.SB commands)

• getIterator

  AtomIndexIterator getIterator​(Viewer vwr,
                                Atom atom,
                                Atom[] atoms,
                                javajs.util.BS bstoms,
                                float radius)

• toFromPrimitive

  boolean toFromPrimitive​(boolean toPrimitive,
                          char type,
                          javajs.util.T3[] oabc,
                          javajs.util.M3 primitiveToCrystal)

• getLatticeType

  java.lang.String getLatticeType()

• setLatticeType

  void setLatticeType​(java.lang.String type)

• getIntTableNumber

  java.lang.String getIntTableNumber()

• generateCrystalClass

  javajs.util.Lst<javajs.util.P3> generateCrystalClass​(javajs.util.P3 pt0)

• toFractionalM

  void toFractionalM​(javajs.util.M4 m)

• calculateCIPChiralityForAtoms

  void calculateCIPChiralityForAtoms​(Viewer vwr,
                                     javajs.util.BS bsAtoms)

• calculateCIPChiralityForSmiles

  java.lang.String[] calculateCIPChiralityForSmiles​(Viewer vwr,
                                                    java.lang.String smiles)
                                             throws java.lang.Exception

  Throws:

  java.lang.Exception

• getConventionalUnitCell

  javajs.util.T3[] getConventionalUnitCell​(java.lang.String latticeType,
                                           javajs.util.M3 primitiveToCryst)

• setUnitCell

  void setUnitCell​(Symmetry uc)