Here is a list of all documented variables with links to the class documentation for each member:

- b -

• base2complement : BaseAsciiMap
• base2int : BaseAsciiMap
• baseColor2int : BaseAsciiMap
• baseNIndex : BaseAsciiMap
• baseXIndex : BaseAsciiMap

- c -

• color2int : BaseAsciiMap

- d -

• depth : glfEntry

- e -

• elements : vector< T >

- f -

• first_type : pair< T1, T2 >

- i -

• INDEX_NA : Cigar
• int2base : BaseAsciiMap
• int2colorSpace : BaseAsciiMap

- l -

• lk : glfEntry

- m -

• mapQuality : glfEntry
• myHasHeader : SamFile
• myIsBamOpenForRead : SamFile
• myIsOpenForRead : SamFile
• myIsOpenForWrite : SamFile
• myPrevCoord : SamFile
• myRecordCount : SamFile
• myStatistics : SamFile
• myStatus : SamFile

- n -

• NO_REF_ID : SamReferenceInfo

- o -

• offset : glfEntry

- r -

• REF_ID_ALL : BamIndex
• REF_ID_UNMAPPED : BamIndex
• refBase : glfEntry

- s -

• second_type : pair< T1, T2 >

- u -

• UNKNOWN_NUM_READS : BamIndex
• UNKNOWN_QUALITY_CHAR : BaseUtilities
• UNKNOWN_QUALITY_INT : BaseUtilities